Новый период истории Кыргызстана охватывает XVIII — начало XX века. Его можно условно разделить на несколько этапов.
1. Кыргызстан в составе Кокандского ханства (1711- 1876).
2. Кыргызстан в составе Российской империи (50- 70-е годы XIX века — 1917 год).
Кыргызы в новый период не имели своей государственности и находились в составе двух государств. Хронологические рамки нахождения кыргызов в составе того или иного государства выражены нечетко. Поэтому исторические процессы не могли иметь логической последовательности во временном и пространственном отношении.
Кыргызы находились в составе Кокандского ханства почти со времени его образования (с 20-х годов XVIII века — южные кыргызы, с 20-х годов XIX века — северные кыргызы), но чаще были номинально зависимым населением, так как опирались на сильные опол¬ения своих племен. Это обстоятельство позволяло им активно вмешиваться как во внутреннюю, так и во внешнюю политику ханов, в особенности — в вопросы престолонаследия.
В начале XVIII века Фергана являлась регионом, политически отделенным от Бухарского эмирата. Население юго-западной части долины жило под главенством хакима Ходжента Акбото-бия-кыргыза. Центральная и Северная части долины находились под теократической властью Чадакского и Касанского ходжей. Восточная и горная части Ферганской долины в основном находилась под властью кочевых кыргызов. Условия относительной мирной жизни способствовали усилению влияния кочевой знати. Развивающаяся внешняя опасность в лице Джунгарии (с востока) и удобная политическая ситуация внутри долины создали условия для начала очередной политической активности двух кочевых кланов, стремившихся захватить политическую власть из рук ходжей и создать светскую государственность. Результатом этой активности явилось образование в начале XVIII века полиэтнического Кокандского ханства — союза двух кочевых кланов: узбеков-мингов во главе с Шахруг-бием, потомком Бабура, и кыргызов во главе с ходжентским Акбото-бием, приходившимся зятем Шахруг-бию.
167-летнее существование Кокандского ханства (1709— 1876) можно разделить на три больших периода.
1. 1709-1800-е годы — становление Кокандского ханства как государства. В этот период Ферганская долина полностью вошла в состав Кокандского государства.
2. 1800-1840-е годы — время развития и расцвета Кокандского ханства. В эти годы в связи с дальнейшим развитием политико-административной организации ханства укрепилась внутренняя и внешняя политика. Кокандское ханство территориально расширилось далеко за пределы Ферганской долины.
3. 1842-1876-е годы — в Кокандском государстве усилились социально-политические кризисы. Возникло народное движение 1873-1876 годов, итогом которого стало падение ханства — Ферганская долина была покорена русскими колонизаторами (1876).
Основываясь на источниках по истории Коканда, мы можем увидеть четыре политические силы, оказавшие значительное влияние на его историю: сарты, минги (узбеки), кыргызы и кыпчаки. Если политическая сила сартов в основном формировала «сартиййа», то кыргызы и кыпчаки соединились в «илатиййа». Мингы (узбеки) в XVIII веке составляли группу кочевников-феодалов, примыкавших к «илатиййа», но уже в XIX веке они постепенно вошли в состав «сартиййа».
В 1709-1760-е годы во главе политической власти в Коканде стояла группа мингов. Однако они делили власть с кыргызскими биями (Акбото-бий, кокандско-кыргызский союз 1741-1760-х годов, Кубат-бий, Ажы-бий и др.). Начиная с 1760-1800 годов политическая группа мингов постепенно встала на путь присоединения к «сартиййа» (политика Нарбото-бия). Хотя в 1800-1840-е годы у власти стояли минги, их политику контролировали экономически сильная группа сартов и военная каста галчи. По мере перехода мингов к оседлости создались условия для превращения их в городское население, увеличению связи с сартами и даже вхождению в эту категорию.
В результате политического кризиса 1840-1842 годов кыргызские бии вновь вышли на историческую арену, а в 1842-1844 годах они смогли полностью взять в свои руки власть (кыргыз Нузуп-бий). В 1844-1856 годах установилось главенство кыпчаков (Мусулманкул минбашы). В 1856-1858 годах к власти снова пришли кыргызы. В 1858- 1865 годах во время правления кыргызского бия и датхи Алымбека и кыргызского военноначальника Алымкула ханская власть почти потеряла значение, особенно во время Алымкула ляшкер баши (1863-1865), когда официальный хан Султан Сейит полностью зависел от воли кыргызского бия. Хотя в 1865-1875 годах власть перешла к представителям прежних феодальных мингов и обществу «сартиййа», но кыргызские и кыпчакские бии активно участвовали в государственном управлении (Абдрахман аптабачы, Шер датка, Нарманбет датка, Кедейбай датка, Курманжан датка и др.). Во время движения 1873-1876 годов кыргызские бии еще раз постарались взять власть в свои руки — кыргыз мулла Исхак Асан уулу был объявлен ханом под именем Полот-хана. Эта была попытка достичь прежнего традиционного политического равновесия. При достижении отдельной группой лидерства во властных структурах представители остальных групп также участвовали в делах управления.
Все государственные должности ханства распределялись между представителями кочевого узбекского, кыргызского и кыпчакского народов. Обычно кыргызы и кыпчаки получали должности аталык, минбашы, амирляшкер, наиб, ынак, эшик-агалык и др. Например, при Алимхане (1800-1810), сыне Нарбото-бия, родственники жены-кыргызки Момунбек и Ырыскулбек были назначены командующими кокандских войск — амир ляшкерами. При Мадали-хане (1822-1841) кыргыз Нусуп занимал должность главнокомандующего — минбашы. В это же время получали титул датка кыргызы из племени адигине — Алымбек, из племени кесек — Сейитбек, из племени тоолос — Полот, из племени ават — Сатыбалды, из племени саруу — Ажибек. Они были влиятельными лицами при ханском дворе и занимали видные посты в Кокандском государстве. В это время влияние кыргызских феодалов было столь высоко, что они занимали в ханстве такие должности: Нусуп (1842-1844) — минбашы и аталык, Алымбек датка (1858-1862) — главный визирь хана, Касым (1853-1856) — минбашы, Алымкул (1863-1865) — амир ляшкар (главнокомандующий кокандской армии) и аталык, Атабек — наиб (командующий сухопутными войсками и артиллерией), Шералы — ынак (командующий кавалерией), Кыдыр-бий — эшикагалык (начальник ханского двора) и т. д. Кроме этого видным кыргызским феодалам присваивались звания парваначи, пансад, и к ним относились с уважением. Мать Кудаяр-хана кыргызка Жаркынайым и жена Алымбек датки Курманджан датка имели большой авторитет и влияние в ханстве. То, что последним ханом Кокандского государства был кыргыз Исхак Асан уулу (Полот-хан), тоже подтверждает роль кыргызов в этом качестве.
Все вышеприведенные исторические факты говорят о том, что Кокандское ханство явилось политическим режимом, объединенным государством как «сартиййа», так и «илатиййа», следовательно, государственностью как узбеков, так и кыргызов, и таджиков. Опираясь на эти неоспоримые материалы, можно констатировать, что Кокандское ханство было одной из форм развития кыргызской государственности XVIII-XIX веков.
Живя в нем и участвуя в управлении своим государством, отдельные кыргызские бии пытались образовать самостоятельную кыргызскую государственность. Например, в 1860 году Алымбек датка во главе части кокандского войска был отправлен в Южный Казахстан (район Каскелен, Уч-Арал) против русской армии, наступавшей на Кокандское ханство. Придя в означенную местность, он отказался от сражения с русскими. В результате кокандская армия была вынуждена отступить. Истинной целью такого решения Алымбека было объединение южных и северных кыргызских племен, образование самостоятельного государства или же полное овладение кокандским ордо. Поэтому он начал с этого времени строить отношения с русскими властями. Он хорошо понимал, что первым условием этого является невступление в войну с русскими. Весной и летом 1861 года он провел переговоры с несколькими родоначальниками северокыргызских племен с целью создания независимого государственного образования. Намерения Алымбека стали известны и в Петербурге. Русские власти отнеслись к этому вполне благосклонно.
Алымбек, подчинив своему влиянию северных кыргызов, в 1861 году вернулся в Ферганскую долину. В феврале 1862 года он участвовал в мятеже, убил кокандского хана Малабека, посадил на трон его племянника — сына Сарымсака 15-летнего Шах Мурата, а сам занял пост старшего визиря. Но летом этого же года троном овладел Кудаяр, который объявил войну кыргызам и кыпчакам, поддержавшим Шах Мурата. Хаким Маргилана Молдо Алымкул из племени ичкиликских кыргызов, видный государственный деятель 1862-1865 годов, перешел на сторону Кудаяра. С его помощью кыргызские бии Кыдыр и Ырсалы вначале были отстранены от власти, позже и вовсе умерщвлены. Вскоре по тайному приказу Алымкула был убит и Алымбек.
Другим деятелем, пытавшимся в условиях политического господства Кокандского ханства над северными кыргызами образовать самостоятельное государство, был сарбагышский манап Ормон Ниязбек уулу. В конце 40-х годов XIX века в местности Кутманалы был созван курултай — съезд представителей племен Иссык-Кульской, Чуйской и Таласской долин, на котором Ормон был провозглашен ханом.
Но это было номинальное признание другими манапами ханства Ормона. Фактически же после этого события все северные кыргызские племена продолжали быть независимыми от него.
Через 15-20 лет север Кыргызстана был покорен Российской империей.
Отношение к Кыргызстану как к колонии, последовавшее за его покорением Российской империей, подорвало традиционно сложившиеся в регионе отношения и возможности их дальнейшего развития на национальной основе. Правовое оформление новых отношений достигалось созданием соответствующих институтов власти и системы управления, действовавшей по принципу «метрополия — колония» или «центр — периферия».
К организации управления Туркестаном, в том числе кыргызскими землями, царизм приступил параллельно с ходом процесса завоевания, еще на начальном его этапе. 2 марта 1865 года был издан указ Сената «Об образовании Туркестанской области» в составе Оренбургского генерал- губернаторства, которая была создана «из всего пограничного с среднеазиатскими владениями пространства от Аральского моря до кыргызского озера Иссык-Куль». Область была преобразована в 1867 году в Туркестанское генерал-губернаторство. Система внутреннего административно-территориального деления Туркестанской области была приспособлена для решения чисто военных задач и базировалась на слиянии военной и гражданской власти, а также концентрации в одних и тех же учреждениях административных, судебных, хозяйственных и других функций. В основе всей колониальной политики царизма лежал принцип «русификации». Этот принцип вытекал из следующей важной особенности колониальной системы России. Если для западноевропейской колониальной системы было характерно наличие больших естественных преград между метрополиями и колониями (океаны, пустыни, горные хребты), то для России — полное отсутствие естественногеографических препятствий. Колонии России были «продолжениями» территории центральной части империи. Этот географический фактор играл решающую политическую роль в реализации принципа русификации. Таким образом, царизм с первых же дней овладения Туркестаном ставил далеко идущую цель — в перспективе превратить этот регион в «исконно русскую территорию».
Недаром часто Туркестан назывался «Русским Туркестаном». Русификации придавалось и политическое, и военно-стратегическое значение. Туркестан, в том числе Кыргызстан, должен был в будущем «обрусеть» в широком смысле слова — как в территориальном, геополитическом, так и в социально-экономическом и культурном. Осуществление русификации предполагалось постепенным, поэтапным, учитывающим местные особенности.
Таким образом, за основным принципом колониальной политики самодержавия последовали производные принципы: постепенность, поэтапность, учет местных условий и веротерпимость. Принцип русификации в своем осуществлении опирался на ряд средств: объявление земель Туркестана государственной собственностью, внедрение российской административной структуры, свободное переселение на новые территории русских крестьян, передача основных рычагов экономической жизни края в руки колонизаторов, распространение общероссийских порядков в колонизируемых территориях и т. д. Словом, в перспективе Туркестан, в том числе и Кыргызстан, должен был превратиться в «неделимую часть империи», подобно Южной России, Среднему Поволжью или Уралу.
Основной принцип был отражен в первых Временных положениях об управлении краем (1867, 1868 годы). Окончательное Положение об управлении Туркестанским краем было подписано и утверждено русским царем 12 июня 1886 года.
Главой местной администрации являлся военный губернатор в чине генерал-губернатора, в руках которого сосредоточивалась военная и гражданская власть. На местах администрацию возглавляли начальники областей и уездов, одновременно являвшиеся военными комендантами. Им подчинялись управляющие местным населением, назначаемые из русских чиновников и осуществлявшие общий полицейский надзор за местным населением. Управляющие местным населением сосредоточивали в своих руках и судебные функции. Их ведению подлежали уголовные дела, связанные с убийствами, грабежами и разбоем в тех случаях, когда в них были замешаны представители местного и европейского населения.
Вспомогательную роль при этом аппарате управления играла так называемая туземная администрация, состоявшая из волостных управителей. Из-за наличия многочисленного кочевого населения наряду с волостями в оседлоземельчиских районах создавались и аксакальства. В целом, административно-территориальное деление, проведенное царизмом в Туркестане, не учитывало природных, исторических, экономических и национальных особенностей края. Оно являлось закономерным продолжением общеимперской организации территории, которую справедливо именовали казенно-бюрократической.
Кочевое население Туркестанской области делилось на роды, отделения и подотделения. Родами управляли родоначальники — манапы, султаны и старшие бии; отделениями — бии, подотделениями — тугачи. Звания манапов, султанов и биев большей частью были наследственными. Но назначение новых лиц на место султанов, манапов и биев подлежало утверждению управляющим местным населением, то есть царским военным чиновником.
Колониальные власти сохранили для оседлого населения суд казиев и для кочевого — суд биев. Изменения в структуре этих судов свелись к уравнению прав всех казиев путем упразднения должности кази-каляна, к введению выборности судей на три года и к предоставлению права истцу обращаться для разбора дела к тому казию, которому он больше доверял.