Влияние монгольского владычества
Все сокрушающие орды чингисханового воинства сыграли свою отрицательную роль и в жизни Ферганской долины и Восточного («киргизского») Приферганья. Значительно сократилось после их нашествия в начале XIII в. число городов и селений. Если арабоязычные авторы IX—XII вв. насчитывали здесь 40 ферганских городов (в их числе Ош) и крупных селений с соборными мечетями, то в XV в. в источниках упоминается уже менее десятка городов. Пришли в упадок производительные силы. Но, что касается Оша, то, судя по всему, город не был полностью разрушен, так как изредка сведения о нем все же встречаются в источниках. Тем не менее история Оша времени монгольского владычества в Фергане почти не известна. До нас дошли лишь отдельные, вырванные, обгоревшие в пламени веков, страницы истории города.
Со второй половины XIII в. Ош с округой входил (как и вся Фергана) в восточную часть владений улуса Чагатая, а затем около двух столетий принадлежал его династии. Монетные дворы в Оше и Узгене эпизодически действовали как при Чагатаидах (известен фельс 687 г. х. — 1288 г. ошской чеканки), так и в период Правления Тимура и Тимуридов археологических находок XIII столетия из Оша крайне немного. На первое место выступают сведения о захоронениях мусульманских «святых». Как видно из эпитафий на кайраках, уроженцы Оша в средние века носили нисбу — прозвище «ал Уши» («ал Оши»)—«из Оша». Это один из отзвуков некогда важного значения города Оша.
Иранский поэт середины XIV в. Шаме ад-дин Фахри Исфахани в своем толковом словаре «Майиор-и Джамали» («Джамилов эталон») город Ош причисляет уже к селениям («Уш — селение...»), что является прямым свидетельством упадка городской жизни в Оше после монголо-татарского нашествия.