В рассматриваемый период кыргызское население занимало примерно ту же часть территории, которая ныне составляет Кыргызскую Республику.
Кыргызстан в составе Кокандского ханства оказался не сразу. Подавляющая часть кыргызов в начале XVIII века жила как в равнинных, так и предгорных и горных частях Ферганской долины, и часть их были полуоседлыми, даже оседлыми. С зарождением Кокандского владения 1711 года вокруг Маргелана и местности Кух-кенд (здесь в 1730-е годы был образован город Коканд в качестве столицы нового государственного образования) в его составе наряду с сартами (оседлые узбеки, таджики, жившие в городах и селениях) оказались и представители «илатиййа» (отчасти осевшие к этому времени и в основном полуоседлые кыргызы, узбеки, кипчаки, тюрки), кишлаки и зимовки которых находились в этих местностях. В 20-50-е годы XVIII века Кокандское владение расширилось за счет присоединения территории вилайетов Андижан, Наманган, Кожент и др. Естественно, и кыргызы, проживавшие в этих местностях, оказывались в составе ханства. Объединительная тенденция усилилась в период нашествия в Фергану отрядов джунгар-ойратов, когда влиятельный кыргызский бий из племени кушчу Кубат (Ковад- мырза) успешно боролся с иноземными завоевателями во главе кыргызских ополчений при поддержке кокандских сарбазов. В 1760-е годы завершилось объединение всех кыргызских племен Ферганской долины и частично Таласской долины под Кокандским ханством. С этого времени многие кыргызские родоначальники стали тесно участвовать в управлении ханством. В 1820-1830-е годы в составе Кокандского ханства оказались кыргызы северных территорий (Тогуз-Торо, Атбашы, Нарын, горы Тенир-Тоо (Тянь- Шань), Чуйская, Кочкорская, Джумгольская, Кеминская и Сусамырская долины, Иссык-Кульская котловина).
Однако покоренные Россией иссыккульцы (в 1850-е годы) и кыргызы Чуйской, Таласской долины и современной Нарынской области (в 1860-е годы) вышли из составе ханства. Южная же часть Кыргызстана (современные территории Жалалабатской, Ошской и Баткенской областей) оставалась в составе Кокандского ханства до 1876 года, т. е. до окончательного завоевания ханства Россией.
Административно-территориальная структура Кокандского ханства была неустойчивой. Кыргызский народ не имел своей четко выделенной территориальной единицы в составе ханства, кыргызы жили почти во всех вилайетах Кокандского ханства. Территории проживания кыргызов в период ханства можно определить так: современная Баткенская область Кыргызской Республики — предгорные и горные части Кожентского, Кокандского и Маргеланского вилайетов ханства; современная Ошская область — территории собственно Ошского вилайета, предгорной и горной части Андижанского вилайета; современная Жалалабатская область — предгорные и горные районы Наманганского вилайета ханства.
Что касается территории современных северных областей Кыргызстана в Кокандский период, то они в основном были номинально независимыми территориями кыргызов. Иссык-Кульская котловина, Чуйская и Таласская долины, Тянь-Шанские горы, как и прежде, являлись исконными территориями кыргызского народа.
В 1850-е годы первыми были покорены Россией кыргызы Иссык-Кульской котловины. В начале 1860-х годов царские войска, ликвидировав кокандские крепости Пишпек и Токмак, покорили чуйских кыргызов. В середине 1860-х годов в результате нескольких экспедиций русское подданство признали нарынские кыргызы. В ходе завоевательных походов генерала Черняева против Олуя-Ата (совр. Тарас РК), Чымкента и Ташкента 1863-1865 годов были покорены и кыргызы Таласской долины. Между Россией и Кокандским ханством в 1868 году был заключен мирный договор. Однако, воспользовавшись народным восстанием кыргызов в 1873-1876 годах, Россия ввела колониальные войска на территорию ханства. В течение 1875-1876 годов в ходе завоевательных походов русские войска потопили в крови сопротивление последнего хана государства кыргызов Пулат-хана и его сподвижника Абдылдабека (сына известной Курманжан датхи) и завершила завоевание всего Кыргызстана в первой половине 1876 года Таким образом, кыргызы оказались в составе Туркестанского генерал- губернаторства России.
Территория северного Кыргызстана — современные Чуйская, Иссык-Кульская и Нарынская области —в качестве уездных административных единиц под названием Токмакский (позже Пишпекский) и Караколский (позже Пржевальское с Нарынским приставом) вошли в состав Семиреченской области с центром в городе Верный (совр. Алматы). А современная Таласская область Кыргызстана оказалась в составе Аулие-Атинского уезда Сырдарьинской области. С ликвидацией Кокандского ханства и образованием на его месте Ферганской области в 1876 году вся территория Кыргызстана была в административном отношении колонизирована и его структура выглядела следующим образом. Север Кыргызстана — современные Чуйская, Иссык-Кульская, Нарынская и Таласская области, как сказано выше, находились в составе Семиреченской и Сырдарьинской областей. Территория Жалалабатской области современной КР была отнесена в состав Наманганского и Андижанского уездов, территория Ошской области — в состав Ошского, Андижанского и Маргеланского уездов, а территория Баткенской области — в состав Маргеланского и Кокандского уездов Ферганской области. И небольшая часть современной Баткенской области (Ляйлякский район) была отнесена в состав Ходжентского уезда Самаркандской области. Таким образом, территория Кыргызстана была рассредоточена почти по всему Туркестанскому генерал-губернаторству.
Внутренняя организация территории была проведена в духе имперских административных традиций и исходила исключительно из интересов военного командования и царской казны. Включая в состав государства территории, населенные народами, отстававшими по темпам социально-экономического развития от «великорусского» центра, царизм прежде всего заботился о создании дешевой и эффективной системы управления и колониальной эксплуатации. Следовательно, при создании административных единиц абсолютно не учитывались этнические и экономические особенности проживавшего в них населения.