В течение последних 15 лет система среднего общего образования функционировала достаточно устойчиво, отмечен рост сети общеобразовательных школ и контингента учащихся. По данным Нацстаткомитета, в 2005 году в республике функционирует 2045 массовых школ, в которых обучается 1121,6 тыс. учащихся. В школах республики обучение ведется на нескольких языках: 63,9% учащихся обучаются на кыргызском языке, 24,5% — на русском, 13,5% — на узбекском, 0,3% — на таджикском языке. Кроме того, в школах, расположенных в местах проживания этнических меньшинств, как родной язык изучаются корейский, дунганский, иврит, уйгурский, немецкий, турецкий языки. В Кыргызстане созданы кыргызско-турецкие образовательные учреждения «Себат» на основе договора между Министерством образования Кыргызской Республики и Турецкой педагогической ассоциацией «Себат». Если в 1992 году функционировал только один лицей, то сегодня в состав образовательных учреждений «Себата» входят 13 кыргызско-турецких лицеев, расположенных во всех областях республики, а также созданы Центр по изучению языков и компьютерной грамотности «Секом» и частно-государственная Международная школа Silk Road. В этих учебных заведениях обучаются более 4 тыс. учеников.
С 2005 года в Кыргызстане действует Комплексная программа поддержки и развития многоязычного и поликультурного образования.
Начиная с 1990-х годов в республике стали активно создаваться альтернативные типы и виды школ и образовательных программ. К настоящему моменту массовая школа имеет около десяти различных вариантов общеобразовательных программ. В республике функционирует 380 инновационных школ (22% от общего числа средних школ) с контингентом 147,8 тыс. детей, или 13,7% от общего количества учащихся. Это 110 гимназий, 65 лицеев, 205 профильных школ с углубленным изучением отдельных предметов.
С 1992 года в республике начали создаваться общеобразовательные учреждения с негосударственной формой собственности: частные школы, частные школы-комплексы, частно-государственные лицеи. Сегодня в республике 38 частных и частно-государственных школ. Число негосударственных учреждений возросло с 7 в 1994 году до 29 в 1997 году, затем прослеживается некоторое снижение — до 25 в 2005 году.
Особое внимание государство уделяет сельской школе. Число сельских школ в 2005 году составляет 1694, это более 82,8% от всех общеобразовательных школ страны. В них обучается 816 тыс. учащихся, или 72,8% от числа всех учащихся республики, а также работает около 54 тыс. педагогов, что составляет 72% учительского корпуса всех школ республики. В результате образовательных реформ изменился статус сельской школы. Материально-техническое состояние и качество образования в сельской школе стало все больше зависеть от экономических возможностей областей и районов, где она располагается, от заинтересованного отношения руководства местных государственных администраций и айыл окмоту (сельских управлений) к образованию, а также экономического положения сельхозпредприятий и фермерских хозяйств, состояния социальной сферы в целом.
Вместе с тем сельская школа не осталась в стороне от всех происходящих в системе образования перемен. В сельских школах идет активное создание подсобных хозяйств (теплицы, маслобойни, мельницы и т. д.), бытовых точек по обслуживанию населения (парикмахерские, ремонт обуви, швейные цеха). На деньги, полученные от подсобных хозяйств и предоставляемых услуг, осуществляется частичный ремонт, материально-техническое оснащение учебного процесса, поддержка учащихся из малообеспеченных и многодетных семей.
Рациональное использование донорских и собственных средств позволило существенным образом увеличить выпуск учебной литературы. Так, в 2002 году издано 27 наименований учебников тиражом в 1506 тыс. экз. и 18 пособий тиражом в 61 тыс. экз. В 2003 году выпущено и закуплено 160 наименований учебников, учебных пособий, программ и библиотечных материалов тиражом 2188 тыс. экз. В 2004 году закуплено и направлено в школы 65 наименований учебников и учебных материалов тиражом в 1 млн 67 тыс. экз., а также 13 наименований учебных программ для школ с кыргызским, русским, узбекским языками обучения и 30 наименований библиотечных материалов.
Для обновления фондов учебной литературы школьных библиотек с русским языком обучения были использованы средства государственного кредита, предоставленного Российской Федерацией Кыргызской Республике в 1997 году, и оборотные средства Министерства образования КР.
В результате принятых мер обеспеченность школ учебниками составляет для школ с кыргызским языком обучения 83,0%, с русским языком обучения — 87,9%, с узбекским языком обучения — 75,2%, с таджикским языком обучения — 63,7%. Всего по республике обеспеченность школ учебниками составляет 77,4%. Таким образом, показатель обеспеченности учебниками учащихся по сравнению с 2003 годом улучшился и есть возможность по мере осуществления Комплексной программы поддержки и развития многоязычного и поликультурного образования к 2010 году полностью решить данную проблему.
Качество среднего образования. Немаловажное значение стало уделяться вопросам гарантии качества образования. В 1993 году был создан Национальный центр тестирования, который ввел тестовую методику в оценку знаний выпускников общеобразовательных школ. За время существования Центра тестирование через обязательные формы прошли более 10 тыс. учащихся, а на добровольной основе тестировалось около 70 тыс. выпускников школ.
Положительную роль в оценке качества образования сыграло участие Кыргызстана в международных программах оценки. При финансовой поддержке ЮНЕСКО и ЮНИСЕФ в 2000 году был проведен «Мониторинг достижений учащихся 4-х классов», в 2002 году — «Мониторинг достижений учащихся 8-х классов». Результаты мониторинга свидетельствуют о необходимости повышения качества обучения и продолжения практики внедрения независимой системы оценки.
Республика также принимает участие в программе международной оценки знаний учащихся PISA — Programme for International Student Assessment (PISA), осуществляемой Организацией экономического сотрудничества и развития (ОЭСР).
В целях объективной оценки знаний выпускников и обеспечения справедливого доступа к высшему образованию в 2002 году впервые было введено Общереспубликанское тестирование для выпускников школ, поступающих в ВУЗы.