Правительство Китайской Народной Республики 27 декабря 1991 года признало независимость Кыргызстана. Китайская Народная Республика и Кыргызстан — государства-соседи, имеющие протяженную совместную границу в 1071,8 км. Исторически и географически территория Кыргызстана и Синьцзян-Уйгурского автономного района (СУАР) на западе КНР входят в единый политико-культурный регион, представленный родственными народами, имеющими сходную веру и родственные языки. Эта близость делает естественным развитие политических и торгово-экономических отношений. В этом регионе усилились и активно проявляются новые вызовы современности, имеющие трансграничный характер: религиозный экстремизм, этнический сепаратизм и международный терроризм, организованная преступность и наркотрафик.
Необходимость взаимодействия Китая и Кыргызстана по целому ряду направлений, включая обеспечение региональной безопасности и стабильности, отвечала реалиям прошедшего этапа развития международных отношений.
В Совместном кыргызско-китайском коммюнике от 16 мая 1992 года отмечено, что Кыргызстан и Китай рассматривают друг друга как дружественные государства и намерены развивать взаимоотношения на основе универсальных принципов межгосударственных отношений. Там же подчеркнуто, что стороны будут решать все вопросы между двумя государствами путем мирных переговоров, в духе добрососедства и дружбы, отказываясь от применения силы.
Важнейшей составной частью политического сотрудничества между КНР и Кыргызстаном в 90-е годы явилось урегулирование вопросов прохождения линии государственной границы. Их успешное решение было направлено на улучшение межгосударственного сотрудничества между Кыргызстаном и Китаем в военной и политической областях.
С целью укрепления двусторонних отношений правительством Кыргызской Республики в августе 2000 года принят Комплексный план мероприятий по сотрудничеству на 2001-2003 годы, охватывающий большинство направлений кыргызско-китайских взаимоотношений.