Кыргызстан стал членом Организации Объединенных Наций 2 марта 1992 года. Постоянная миссия ООН в Кыргызстане была открыта в 1993 году, вскоре после обретения республикой независимости. С годами представительство ООН в Кыргызской Республике расширилось и окрепло, и в настоящее время многочисленные программы и агентства ООН осуществляют разностороннюю деятельность не только на общереспубликанском, но и на местном уровне.
Шесть организаций, входящих в систему ООН, имеют свои постоянные представительства в Кыргызстане: Фонд народонаселения ООН (ЮНФПА), Управление Верховного комиссара по делам беженцев (УВКБ ООН), Детский фонд ООН (ЮНИСЕФ), Программа развития ООН (ПРООН) и Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ).
Международная организация по миграции (МОМ), хотя и не является членом системы ООН, принимает участие в заседаниях представителей агентств ООН в Кыргызстане, в работе тематических групп, в конференциях и других мероприятиях, проводимых в Кыргызстане под эгидой ООН. Основой для партнерства служит целый ряд программ и проектов, реализуемых МОМ в Кыргызстане в тесном сотрудничестве с рядом агентств системы ООН, аккредитованных в республике.
Региональные представители Управления ООН по наркотикам и преступности (находящегося в Ташкенте), представители ЮНЕСКО и межреспубликанский советник Программы ООН по предотвращению ВИЧ/СПИДа (базирующиеся в Алматы) осуществляли деятельность в Кыргызстане через свои региональные офисы и участвовали в совещаниях представителей агентств ООН, а также в иных совместных мероприятиях.
В марте 1993 года в Бишкеке открылось представительство ПРООН. Первая страновая программа (1993-1996) была сфокусирована на вопросах управления и координации получаемой помощи, совершенствовании государственного управления и поддержке процессов демократизации. Работа представительства привела к созданию программы «Основы сотрудничества со страной (1997-2000)».