Подземные воды — одно из главных водных богатств КР. Они характеризуются повышенным содержанием биологически активных минеральных (реже — органических) компонентов и обладают специфическими физико-химическими свойствами (радиоактивность и др.), на чем основано их действие на организм человека и лечебное применение.
На территории КР имеется около 150 минеральных источников, более 30 из них — термальные. Используются они, в основном, для санаторно-курортного лечения и для широкого потребления в качестве лечебных, профилактических и столовых вод. С лечебными целями используются также искусственно приготовляемые минеральные воды. В Кыргызстане имеется более 250 естественных и искусственных проявлений (скважин) минеральных вод. Из 40 типов минеральных вод, выделенных в практической курортологии, 30 обнаружены на территории Кыргызстана. Выявлены также 10 типов, не имеющих мировых аналогов. Минеральные воды, содержащие повышенное количество (по сравнению с пресными) солей и газов, обладают специфическими свойствами (температура, радиоактивность и др.), обусловливающими их лечебное действие.
Вместе с тем гидроминеральная ресурсная база Кыргызстана используется не более чем на четверть своих возможностей. Причины этого — как экономические обстоятельства (отсутствие средств у государства, незаинтересованность инвесторов, слабая активность местного капитала), так и неполнота и недостаточная распространенность информации о запасах, качестве, горнотехнических условиях разработки объектов, перспективных для освоения.
С 1960-х годов наблюдается нехватка воды, высыхают реки Амударья, Сырдарья, Или и Тарим на их пути к бессточным Аральскому морю и озерам Балхаш, Манас, Лоб- нор, Иссык-Куль. Поэтому прогрессирует процесс опустынивания бассейнов этих рек. Вымирающий лес на склонах гор, а также негативно изменившаяся растительность отрицательно влияют на водный баланс в регионе. В качестве прямого эффекта от уменьшения растительного и лесного покрова уровень чистых осадков и испарения может понизиться. На основе результатов климатических, гидрологических и ледниковых исследований Иссык-Кульского бассейна, проведенных еще в 1980-е годы, был сделан вывод, что снижение количества воды в этом бассейне также происходит из-за климатических изменений.