Наряду с исламом в жизни кыргызов были широко представлены обычаи и традиции доисламских религиозных верований. Главным образом они являлись отражением в сознании людей господствующих над ними природных и общественных сил. В народе сохранился обычай поклонения различным животным — тотемизм — одна из наиболее ранних форм религиозного сознания. Так, один из родов северных кыргызов именуется «бугу» (олень). Его представители до сих пор хранят легенды и предания, обычаи и традиции, связанные с почитанием этого красивого животного. К числу тотемов относили также беркута, волка, горного козла. Кыргызам было свойственно почитание и других животных, имеющих отношение к религиозным воззрениям зороастризма. Согласно этому древнейшему верованию, многие животные считались священными. Среди них — белый верблюд, снежный барс, медведь, сова, змея.
Кыргызы Енисея исповедовали религию бутпарас, то есть были идолопоклонниками. Как и другие тюрки того времени, они признавали главными божествами Тенир ата и Умай эне. В жизни кыргызов сохранялись и продолжали бытовать древние традиции шаманизма и веры в шаманов. С ними зачастую связывали практику народного врачевания. Исцелением больных занимались так называемые бакшы (целитель) и бюбю (целительница). Шаманы делились на черных и белых, из них наибольшей силой обладали черные. Шаманы лечили главным образом болезни нервной системы и занимались прорицанием.
Начало распространения ислама в Кыргызстане относится к IX-XII векам. Известно, что Сатук Кара-хан незадолго до смерти (955) принял ислам, а его сын Муса провозгласил ислам государственной религией. Исторические источники сообщают о принятии в 960 году ислама 200 тыс. дворов различных тюркских родов и групп, населявших Тенир-Тоо. В их числе было немало и кыргызских родов, населявших предгорья Тенир- Too и Памира, побережье Иссык-Куля и долины реки Талас. Сведения о принятии кыргызами мусульманской веры широко отражены в исторических источниках XVI века — «Тарих и Рашиди», «Маджму ат-таварих», «Джалис и Муштадин», «Зийа ал Кулуб» и др. Бытовавшие до принятия ислама религиозные традиции и обряды кыргызы сохраняли не только до XVI века, но и много позднее.
Основными традиционными праздниками кыргызов Енисея были празднества, связанные с началом определенных периодов года — Праздник весны (Навруз), Праздник осени.